Σε διάστημα μίας εβδομάδας, ο Θόδωρος Καρυπίδης καταφέρθηκε δύο φορές κατά του προέδρου της ΕΠΟ, Τάκη Μπαλτάκου, αλλά και του Άγγλου αρχιδιαιτητή, Στιβ Μπένετ. Λόγω των δημόσιων τοποθετήσεών του, ο αναπληρωτής υπεύθυνος άσκησης πειθαρχικών διώξεων ποδοσφαιριστών αδικημάτων, Αντεισαγγελέας Νικόλαος Μαργαρίτης άσκησε πειθαρχική δίωξη εναντίον του. Ο ισχυρός άνδρας του Άρη κατήγγειλε τον πρόεδρο της ΕΠΟ , Τάκη Μπαλτάκο, τόσο σε ραδιοφωνική συνέντευξή του όσο και με επίσημη δήλωσή του στην ιστοσελίδα της ομάδας του.

Στην ανακοίνωσή της η ΕΠΟ αναφέρει: «Από τον αναπληρωτή υπεύθυνο άσκησης πειθαρχικών διώξεων ποδοσφαιρικών αδικημάτων, Αντεισαγγελέα Νικόλαο Μαργαρίτη, ασκήθηκε πειθαρχική δίωξη εις βάρος του Θόδωρου Καρυπίδη, αξιωματούχου της ΠΑΕ Άρης.

Η δίωξη ασκείται διότι ο Θόδωρος Καρυπίδης ως αξιωματούχος της ΠΑΕ Άρης δυσφήμησε ποδοσφαιρικές αρχές και όργανα προβαίνοντας σε δημόσιες δυσμενείς δηλώσεις, ήτοι σε δηλώσεις οι οποίες περιέχουν μομφές για σκοπιμότητα ή δόλο ή μεροληψία στη λήψη αποφάσεων που κατ’ αντικειμενική κρίση δύνανται να βλάψουν την τιμή και την υπόληψη των προσώπων στα οποία αφορούν και οι οποίες διαδόθηκαν με μέσο επικοινωνίας.

Η ανωτέρω πράξη προβλέπεται και τιμωρείται πειθαρχικά από τις διατάξεις των άρθρων 1, 2, 3, 4, 20Α§§1,2, 26 του Πειθαρχικού Κώδικα της ΕΠΟ».