Το νέο οργανόγραμμα έχει στόχο τον καλύτερο συντονισμό των λειτουργιών της ομοσπονδίας και το «συμμάζεμα» των οικονομικών της, για τα οποία οι UEFA και FIFA έχουν διαγνώσει προβλήματα. Με τη νέα τάξη πραγμάτων η ΕΠΟ θα έχει 27 διευθυντές και προϊστάμενους για 90 εργαζόμενους έχει 16 για 106 εργαζόμενους. Το πιο σημαντικό στοιχείο αφορά στην κατάργηση της Διεύθυνσης Αδειοδότησης που θα υπάγεται στη Διεύθυνση Νομικών Υποθέσεων.

Και αυτό διότι σύμφωνα με στελέχη της ΕΠΟ εκτός του ότι ευθύνεται για το... αδιέξοδο και τα πολλά προβλήματα με τις αδειοδοτήσεις της Super League 2 είναι και η μόνη που δεν έχει πάρει πιστοποίηση από την UEFA τα τελευταία τρία χρόνια. Η μόνη διεύθυνση αδειοδότησης Ομοσπονδίας χωρίς τέτοια πιστοποίηση.

Επίσης δημιουργήθηκε η Διεύθυνση Ποδοσφαίρου. Πρόκειται για μια «υπερδιεύθυνση», που βάζει υπό τη... σκέπη της και καταργεί αρκετές ανεξάρτητες διευθύνσεις και έχει ως υπερδιευθύντρια τη Μυρσίνη Ψαροπούλου. Η Ψαροπούλου είναι ανιψιά του Σταύρου Ψαρόπουλου, πρώην προέδρου της ΕΠΣ Λέσβου, ο οποίος επρόκειτο να θέσει υποψηφιότητα για την προεδρία της ΕΠΟ (προτού προκύψει η υποψηφιότητα Ζαγοράκη), αλλά τελικά «κόπηκε» λόγω του νόμου Αυγενάκη για τα ηλικιακά όρια στους προέδρους των αθλητικών Ομοσπονδιών.

Επιπλέον διευθύντρια Στρατηγικού Σχεδιασμού και Ανάπτυξης ανέλαβε η Λώρα Δημητρίου, κόρη του προέδρου της ΕΠΟ, Παναγιώτη Δημητρίου. Είναι ένα κομμάτι που θα καθορίσει το πως λειτουργήσει στη συνέχεια η Ομοσπονδία.