Η νέα κλήρωση διαφοροποίησε τα ζευγάρια των προημιτελικών του Κυπέλλου. Το μόνο ίδιο, με την πρώτη (και άκυρη) κλήρωση είναι πως δεν προκύπτει το ενδεχόμενο να συναντηθούν Παναθηναϊκός και Ολυμπιακός πριν τα ημιτελικά.

Ο Προμηθέας θα αντιμετωπίσει τον ΠΑΟΚ, η ΑΕΚ το Περιστέρι και ο Παναθηναϊκός το Λαύριο, με το τέταρτο ζευγάρι να προκύπτει από τις προηγούμενες φάσεις, με τον Ολυμπιακό να είναι η μία πιθανή ομάδα.

Β' Φάση - 1η Αγωνιστική - Σάββατο 18/9/2021

15. Ιωνικός - Απόλλων Πατρών
16. Κολοσσός Ρόδου - Ολυμπιακός
17. Λάρισα - Άρης
18. Νικητής Α14 (Ομάδα της Α2) - Ηρακλής

Β' Φάση - 2η Αγωνιστική - Τετάρτη 22/9/2021

19. Νικητής 15 (Ιωνικός - Απόλλων Πατρών) - Νικητής 17 (Λάρισα - Άρης)
20. Νικητής 18 [Νικητής Α14 (Ομάδα της Α2) - Ηρακλής] - Νικητής 16 (Κολοσσός Ρόδου - Ολυμπιακός)

Προημιτελικοί Αγώνες - Τετάρτη 16/2/2021

21. Νικητής Α20 [Νικητής 18 (Νικητής Α14 {Ομάδα της Α2} - Ηρακλής) - Νικητής Α16 (Κολοσσός Ρόδου - Ολυμπιακός)] - Νικητής Α19 [Νικητής Α15 (Ιωνικός - Απόλλων Πατρών) - Νικητής Α17 (Λάρισα - Άρης)]
22. Προμηθέας - ΠΑΟΚ
23. ΑΕΚ - Περιστέρι
24. Παναθηναϊκός - Λαύριο