Ραπίντ Βιέννης (1966-67): Την πρώτη φορά που η Μπάγερν συμμετείχε στο κύπελλο κυπελλούχων, έφτασε μέχρι το τέλος της διαδρομής, κατακτώντας το τρόπαιο. Το μεγαλύτερο εμπόδιο σε αυτή την πορεία ήταν η Ραπίντ, στα προημιτελικά. Η αυστριακή ομάδα επικράτησε με 1-0 στο πρώτο παιχνίδι, στη Βιέννη, με τους Βαυαρούς να... φτύνουν αίμα για να κάνουν την ανατροπή στη ρεβάνς. Στο 90λεπτο, στο Μόναχο, η Μπάγερν ισοφάρισε το σκορ του πρώτου αγώνα, με τον επαναληπτικό να οδηγείται στην παράταση. Εκεί, οι Βαυαροί χρειάστηκαν ένα γκολ από τον Γκερντ Μίλερ για να φτάσουν στο 2-0 και να πάρουν το εισιτήριο για τα ημιτελικά.

Μάλμε (1975-76): Από δύο συνεχόμενες κατακτήσεις κυπέλλων πρωταθλητριών προερχόταν η Μπάγερν, η οποία πήγε να πέσει θύμα έκπληξης την επόμενη σεζόν, στο δεύτερο γύρο της διοργάνωσης. Η Μάλμε πήρε τη νίκη με 1-0 στο πρώτο παιχνίδι, στη Σουηδία, αναγκάζοντας την πρωταθλήτρια Ευρώπης να ψάξει την ανατροπή στη ρεβάνς. Κάτι που έγινε, με δύο γκολ στο δεύτερο ημίχρονο. Ντέρνμπεργκερ και Τόρστενσον βρήκαν δίχτυα για τους Βαυαρούς, που πήραν τη νίκη με 2-0. Με αυτόν τον τρόπο, η Μπάγερν προκρίθηκε στα προημιτελικά και στη συνέχεια κατέκτησε για τρίτη συνεχόμενη χρονιά το κύπελλο πρωταθλητριών.

Καϊζερσλάουτερν (1979-80): Γερμανικός «εμφύλιος» ήταν η υπόθεση-πρόκριση στα ημιτελικά του κυπέλλου UEFA εκείνη τη σεζόν. Η Καϊζερσλάουτερν όχι μόνο επικράτησε με 1-0 στο πρώτο παιχνίδι στην έδρα της, αλλά έβαλε δύσκολα στην Μπάγερν και στον επαναληπτικό του Μονάχου. Προηγήθηκε με 0-1 στο Ολυμπιακό Στάδιο, όμως κάπου εκεί πήρε μπροστά η βαυαρική μηχανή. Με δύο γκολ του Χένες και ένα από τους Γιάνζον και Μπράιτνερ, η Μπάγερν έφτασε στο εντυπωσιακό 4-1, που της έδωσε το εισιτήριο για τα ημιτελικά. Εκεί, που τέθηκε αντιμέτωπη με μία ακόμα γερμανική ομάδα, την Αϊντραχτ Φρανκφούρτης, αλλά αποκλείστηκε.

Χαρτς (1988-89): Μετά από μία επική ανατροπή στον προηγούμενο γύρο του κυπέλλου UEFA απέναντι στην Ίντερ (ήττα με 2-0 στο Μόναχο, νίκη με 3-1 στο Μιλάνο), η Μπάγερν έκανε ένα ακόμη comeback. Αυτή τη φορά ο αντίπαλος δεν ήταν τόσο ισχυρός, όμως η Χαρτς κατάφερε να επικρατήσει με 1-0 στο πρώτο παιχνίδι στη Σκωτία και δώσει μεγάλο ενδιαφέρον στον επαναληπτικό του Μονάχου. Ωστόσο, με ένα τέρμα σε κάθε ημίχρονο, οι Βαυαροί έφτασαν στο τελικό 2-0, που τους έδωσε το εισιτήριο για τα ημιτελικά της διοργάνωσης.

Λοκομοτίβ Μόσχας (1995-96): Απέναντι στη ρωσική ομάδα τα πράγματα έγιναν αντίθετα για τους Βαυαρούς εκείνη τη σεζόν στο κύπελλο UEFA. Κι αυτό γιατί η ήττα με 1-0 από τη Λοκομοτίβ ήρθε στο Μόναχο, με την ανατροπή να γίνεται στη Μόσχα. Και μάλιστα με εμφατικό τρόπο. Με τον Ότο Ρεχάγκελ στον πάγκο και τον Γιούργκεν Κλίνσμαν να είναι ο μεγάλος πρωταγωνιστής στον αγωνιστικό χώρο, η Μπάγερν πραγματοποίησε μία εντυπωσιακή εμφάνιση στον επαναληπτικό, καθώς ήδη από το πρώτο ημίχρονο είχε πετύχει τέσσερα τέρματα. Το τελικό 0-5 έδωσε μια εύκολη πρόκριση στο δεύτερο γύρο στη γερμανική ομάδα, η οποία στο τέλος της σεζόν κατάφερε να κατακτήσει και το τρόπαιο του κυπέλλου UEFA.

Βασιλεία (2011-12): Η μοναδική φορά που η Μπάγερν έχει ανατρέψει εις βάρος της 1-0 στο Champions League ήταν πριν από δέκα χρόνια. Συγκεκριμένα, στη φάση των 16 της διοργάνωσης, οι Βαυαροί ήταν το μεγάλο φαβορί στις αναμετρήσεις με τα Βασιλεία. Μόνο που στον πρώτο αγώνα, στην Ελβετία, γνώρισαν ήττα-σοκ από τους γηπεδούχους με 1-0. Ο επαναληπτικός του Μονάχου απέκτησε τεράστιο ενδιαφέρον, όμως η γερμανική ομάδα φρόντισε από την αρχή να δείξει ποιος είναι το αφεντικό στο ματς. Προηγήθηκε με 3-0 στο ημίχρονο και φτάνοντας στο εκκωφαντικό 7-0 (!) πήρε με άνεση το εισιτήριο για τα προημιτελικά.