Από το 2000 έως σήμερα, το Κύπελλο Ελλάδας Γυναικών έχει γράψει τη δική του ιστορία με τον ΠΑΟΚ να δεσπόζει στις κατακτήσεις και να αποτελεί τη μεγάλη δύναμη του θεσμού.
Το Κύπελλο Ελλάδας Γυναικών ξεκίνησε τη διαδρομή του τη σεζόν 1999–2000 με την Ολυμπιάδα Θεσσαλονίκης 96 να σηκώνει το πρώτο τρόπαιο, επικρατώντας του Ήφαιστου Περιστερίου με 2–0. Την επόμενη χρονιά, η Καβάλα 86 κατέκτησε το τρόπαιο, αλλά από το 2001 και μετά άρχισε η κυριαρχία του ΠΑΟΚ.
Ο «Δικέφαλος του Βορρά» έχει κατακτήσει συνολικά επτά Κύπελλα Ελλάδας, αρχής γενομένης από το 2001–2002, ενώ μετά την επανέναρξη της διοργάνωσης το 2012, πήρε κάθε τίτλο έως και το 2024, με εξαίρεση τα χρόνια χωρίς διοργάνωση. Αντίπαλοί του σε τελικούς ήταν ομάδες όπως οι Αμαζόνες Δράμας, η Γλυφάδα, οι Ελπίδες Καρδίτσας και πιο πρόσφατα η ΑΕΚ (2024). Η Ένωση, μετά τη νίκη (2-0) επί του Παναθηναϊκού, κατέκτησε το πρώτο της Κύπελλο Γυναικών
Η χρυσή βίβλος του Κυπέλλου Γυναικών:
- 1999–2000 Ολυμπιάδα Θεσσαλονίκης 96
- 2000–2001 Α.Ο. Καβάλα 86
- 2001–2002 Π.Α.Ο.Κ.
- 2012–2013 Π.Α.Ο.Κ.
- 2013–2014 Π.Α.Ο.Κ.
- 2014–2015 Π.Α.Ο.Κ.
- 2015–2016 Π.Α.Ο.Κ.
- 2016–2017 Π.Α.Ο.Κ.
- 2023–2024 Π.Α.Ο.Κ.
- 2024/2025 AEK
*Δεν διεξήχθη διοργάνωση τις περιόδους 2003–2012 και 2018–2023.