Η θητεία του στον ΑΟ Θήρας κρίνεται απόλυτα πετυχημένη, καθώς οδήγησε την ομάδα της Σαντορίνης στον τελικό γράφοντας ιστορία. Όπως είναι λογικό όλοι στο όμορφο νησί ήθελαν τον Απόστολο Οικονόμου στην ομάδα και αφού το ήθελε και αυτός, έγινε με την σχετική ανακοίνωση να αναφέρει: «Ο Α.Ο.Θήρας ανακοινώνει τη συνέχιση της συνεργασίας του με τον προπονητή Απόστολο Οικονόμου και για την αγωνιστική περίοδο 2016-2017. Ευχόμαστε στον προπονητή μας καλή δύναμη και κάθε επιτυχία στο έργο του».