Το σώμα του τον είχε εγκαταλείψει είναι αλήθεια από καιρό. Το μυαλό ωστόσο, αρνούνταν να υποταχθεί στον πανδαμάτορα χρόνο. Τελικά αφού έμεινε περίπου δύο χρόνια ανενεργός αγωνιστικά, ο Ζιλμπέρτο Σίλβα το πήρε απόφαση και σε ηλικία 39 ετών ανακοίνωσε επισήμως το τέλος της εκπληκτικής καριέρας του.

Εχοντας υπηρετήσει πέντε συλλόγους σε αυτή την πορεία του από το 1997 και φυσικά για μία τριετία τον Παναθηναϊκό, έζησε μεγάλες στιγμές και σήκωσε τρομερές κούπες.

Αμέρικα Μινέιρο (1997-'00)
Ατλέτικο Μινέιρο (2000-'02, 2012-'13)
Αρσεναλ (2002-'08)
Παναθηναϊκός (2008-'11)
Γκρέμιο (2011-'12)

Ως «αόρατος τοίχος» στη μεσαία γραμμή υπήρξε βασικό στέλεχος στο μυθικό αήττητο πρωτάθλημα της Αρσεναλ (2004), με την οποία έπαιξε και στον χαμένο τελικό του Champions League (2006), ενώ πήρε νταμπλ με τον Παναθηναϊκό (2010), για να κλείσει με το Κόπα Λιμπερταδόρες, φορώντας τη φανέλα της Ατλέτικο Μινέιρο.

Ωστόσο, η κορυφαία στιγμή του ήταν αναμφίβολα η κορυφή του Μουντιάλ του 2002, κατακτώντας με τη Σελεσάο (93/ 3), την οποία υπηρέτησε και με το περιβραχιόνιο και το Κόπα Αμέρικα (2007).

Κατά την ανακοίνωση του φινάλε, ο Ζιλμπέρτο Σίλβα έσπευσε να προαναγγείλει και την επόμενη ασχολία του, η οποία θα έχει άμεση σχέση με το αγαπημένο του άθλημα: «Η αλήθεια είναι πως είναι δύσκολο να συνειδητοποιείς ότι ήρθε το τέλος. Αυτό που ξεκινάει όμως τώρα για μένα δεν είναι θάνατος, αλλά μία μετάβαση στο επόμενο στάδιο. Το τελευταίο διάστημα που βρισκόμουν στην Αγγλία, κατάλαβα ότι υπάρχει ένας τρόπος για να συνεχίσω να βρίσκομαι στο ποδόσφαιρο και αυτός είναι σαν σύμβουλος για συλλόγους και παίκτες».