Δύο οδυνηρούς υποβιβασμούς έχει μέχρι τώρα στην ιστορία του ο Άρης, αλλά είναι η πρώτη φορά που πέφτει καθαρά για αγωνιστικούς λόγους, καθώς τις δύο προηγούμενες φορές, είχε τιμωρηθεί με μηδενισμό και αφαίρεση βαθμών.

Περίοδος 1996-97

Από την αρχή φάνηκαν τα αγωνιστικά προβλήματα του Αρη, αλλά το τελειωτικό «σπρώξιμο» στη Β' Εθνική το έκαναν οι άνθρωποι της ομάδας. Ο Αρης ξεκίνησε με τον Σταύρο Διαμαντόπουλο στον πάγκο, ο οποίος απολύθηκε τον Ιανουάριο μετά το ταπεινωτικό 5-0 στην Καλαμάτα από την «Μαύρη Θύελλα».

Στη θέση του Διαμαντόπουλου προσελήφθη ο πρώην άσος του Παναθηναϊκού Χουάν Ραμόν Ρότσα που νίκησε με 1-0 στο πρώτο του ματς τον Απόλλωνα. Στη συνέχεια, όμως, ήρθε η καταστροφή καθώς στην επόμενη αγωνιστική ο Αρης κατέβηκε να παίξει με τον Αθηναϊκό στην Αθήνα, χωρίς τα δελτία των ποδοσφαιριστών του, γεγονός που κόστισε στην ομάδα τον μηδενισμό στο ματς αλλά και την αφαίρεση -3 βαθμών. Οπως αποδείχθηκε στη συνέχεια, οι παράγοντες του συλλόγου δεν είχαν καταφέρει να σφραγίσουν τα δελτία και γι' αυτό δεν τα είχαν μαζί τους.

Από τότε οι «κίτρινοι» δεν κατάφεραν να ορθοποδήσουν και οδηγήθηκαν στον υποβιβασμό στη Β' Εθνική για πρώτη φορά. Το πάθημα πάντως έγινε μάθημα και ο Αρης έκανε πρωταθλητισμό στη μικρότερη κατηγορία και αμέσως κέρδισε την άνοδο με 72 βαθμούς, έναντι 69 του Πανελευσινιακού και 67 του Εθνικού Αστέρα.

Περίοδος 2004-05

Μία ακόμη μαύρη σελίδα στην ιστορία του Αρη, σχεδόν σαν επανάληψη της προηγούμενης φοράς που υποβιβάστηκε. Η ομάδα δεν ξεκίνησε καλά και τα πάντα κρίθηκαν την προτελευταία αγωνιστική του πρωταθλήματος στις δύο αναμετρήσεις με τις τέσσερις ομάδες της Θεσσαλονίκης. Ο Άρης με προπονητή τον Γιώργο Χατζάρα, ξεκίνησε τις 12 πρώτες αγωνιστικές με μόλις μία νίκη και έφτασε να παίζει την παραμονή του στην προτελευταία αγωνιστική έχοντας 28 βαθμούς, με την Καλαμαριά να βρίσκεται πιο πάνω με 30.

Ο Αρης υποδέχεται τον Ηρακλή που προηγήθηκε 2-0 με τους γηπεδούχους να μειώνουν προς στιγμή στο 41ο λεπτό, αλλά υπολόγιζαν χωρίς έναν ανεγκέφαλο οπαδό που εισέβαλε στον αγωνιστικό χώρο και χτύπησε τον Κατσιαμπή, ενώ χτυπημένος φερόταν και ο τερματοφύλακας του «Γηραιού». Ο αγώνας διακόπτεται από τον διαιτητή Μπριάκο εις βάρος του Άρη στο 43, του αφαιρούνται και τρεις βαθμοί και όλα τελειώνουν εκεί, σε μια χρονιά που έφτασε μέχρι τον τελικό του Κυπέλλου αλλά έχασε 3-0 από τον Ολυμπιακό στην Πάτρα.

Ο Αρης επέστρεψε αμέσως στην μεγάλη κατηγορία αλλά όχι τόσο εύκολα όσο την προηγούμενη φορά. Ολα κρίθηκαν στην τελευταία αγωνιστική όταν έπαιζε με το Αιγάλεω στην Αθήνα και χρειαζόταν μόνο τη νίκη. Στο έβδομο λεπτό των καθυστερήσεων ο Χρήστος Βελώνης έστειλε τη μπάλα στα δίχτυα και την ομάδα στην Α' Εθνική με 54 βαθμούς, έναντι 56 του Εργοτέλη και της Κέρκυρας και 53 του Θρασύβουλου.