Στον προημιτελικό την Πρωτομαγιά του 1955 ο ΠΑΟΚ επικράτησε στη Νέα Σμύρνη με 4-2. Οι Καραφουλίδης (14’, 32’), Κουϊρουκίδης (40’), Γερούδης (70’) πέτυχαν τα γκολ για τον ΠΑΟΚ, ο Χρονόπουλος (11’’, 75’) του Πανιωνίου.

Ιούνιος 1970, στα γήπεδα του Μεξικού είναι σε εξέλιξη το καλύτερο Παγκόσμιο Κύπελλο όλων των εποχών και στην Ελλάδα συνεχίζουν να παίζουν μπάλα… Το κύπελλο βρίσκει τις 8 ομάδες στα προημιτελικά και στην Τούμπα ο ΠΑΟΚ

Με ασύλληπτο σουτ ο Γιώργος Κούδας στο 61^ο λεπτό νίκησε τον τερματοφύλακα Μανιάκη του Πανιώνιου και χάρισε στον μέτριο εκείνο το απόγευμα ΠΑΟΚ την πρόκριση στα ημιτελικά της διοργάνωσης.

Πέντε χρόνια αργότερα, το 1975, πάλι για τα προημιτελικά, ένα γκολ του Χρήστου Τερζανίδη χάρισε στον «Δικέφαλο» την πρόκριση στους «4» της διοργάνωσης, κάτι που έγινε και το 1982, για πρώτη φορά σε διπλούς αγώνες. Στην Τούμπα ο Γιάννης Δαμανάκης βρήκε το δρόμο για τα δίχτυα, ο ΠΑΟΚ είχε τρία δοκάρια, αλλά πήγε με το υπέρ του 1-0 στη Νέα Σμύρνη για τη ρεβάνς στις 28 Απριλίου 1982. Εκεί, όλα τελείωσαν όταν ο Θωμάς Σίγγας στο 32’ ισοφάρισε σε 1-1, με τον Πανιώνιο απλά να παίρνει τη νίκη στο τέλος.

Το 1986 ήταν η πρώτη φορά που οι κυανέρυθροι προκρίθηκαν στην επόμενη φάση του κυπέλλου με αντίπαλο τον ΠΑΟΚ. Νίκη 3-0 στη Νέα Σμύρνη και ήττα με μόλις 1-0 στην Τούμπα. Τρία χρόνια μετά, στο δρόμο για τον τελικό, όπου ηττήθηκαν με 3-1 από τον Παναθηναϊκό, οι Νεοσμυρνιώτες ανέτρεψαν το εις βάρος τους 2-0 σ’ έναν συγκλονιστικό δεύτερο προημιτελικό, ο οποίος κρίθηκε (3-0) στην παράταση με το Θωμά Μαύρο να χαρίζει την πρόκριση στον Πανιώνιο.

Για τη φάση των «32», την σεζόν 1996-’97, ο ΠΑΟΚ πέρασε εύκολα με δύο νίκες 4-0 (Αλεξίου, Τουρσουνίδης, Πις, Κατσούρης) στην Τούμπα και 2-3 (ο ΠΑΟΚ προηγήθηκε 0-3 με δύο γκολ του Ζουμπούλη και ένα του Ντιμκόφσκι, μείωσε ο Πανιώνιος με Σαπουντζή και Μάντζιο) στη Νέα Σμύρνη.

Η κορυφαία στιγμή για τους κυανέρυθρους σημειώθηκε με την πρόκριση στον τελικό του 1998 μέσα στην Τούμπα. Στον πρώτο ημιτελικό της Νέας Σμύρνης, ένα γκολ του Βόκολου στο 90^ο λεπτό έδωσε το προβάδισμα στον Πανιώνιο, ενώ στη ρεβάνς, σε μια φορτισμένη ατμόσφαιρα καθώς ήταν το πρώτο εντός έδρας ματς του ΠΑΟΚ μετά το θάνατο του Παναγιώτη Κατσούρη, ο Δημήτρης Ναλιτζής σκόραρε για τους κυανέρυθρους (23’) και έκρινε τα πάντα, ενώ ο Βρύζας απλά ισοφάρισε σε 1-1.

Λίγες μέρας αργότερα, ο Πανιώνιος θα κατακτούσε το δεύτερο κύπελλο της ιστορίας του επικρατώντας, με γκολ του Ναλιτζή, 1-0 του Παναθηναϊκού στο «Γεώργιος Καραϊσκάκης».