Την περίοδο 2006-07, όταν πρωτοξεκίνησε το εγχείρημα της δημιουργίας της Σούπερ Λιγκ, ενός δηλαδή συνεταιρισμού ο οποίος θα κινούνταν με σχετική αυτονομία και θα είχε τη δυνατότητα να ωφελήσει όλες τις ομάδες που θα συμμετείχαν σε αυτόν μέσω της κεντρικής διαχείρισης των τηλεοπτικών δικαιωμάτων, ο Γιάννης Βαρδινογιάννης βγήκε μπροστά έχοντας τη στήριξη του Πέτρου Κόκκαλη. Ο γιος του Σωκράτη τότε αναλάμβανε όλο και περισσότερη ελευθερία κινήσεων στην ΠΑΕ, καθώς προοριζόταν για διάδοχη κατάσταση στην κορυφή του διοικητικού σχήματος του Ολυμπιακού, όντας το νούμερο «2» κάτω από τον πατέρα του. Το μοντέλο που εφάρμοσε στην ΠΑΕ θεωρήθηκε από τους περισσότερους επιτυχημένο, άσχετα αν στη συνέχεια το συγκεκριμένο σχήμα οδηγήθηκε σε διάλυση για άλλους λόγους.

Ο Πέτρος Κόκκαλης, λοιπόν, ήταν σύμφωνος με τις κινήσεις του Γιάννη Βαρδινογιάννη για τη δημιουργία της Σούπερ Λιγκ και μάλιστα, με τη στήριξη του πρώην μεγαλομέτοχου της ΠΑΕ Παναθηναϊκός ανακηρύχθηκε ομόφωνα πρόεδρος στην πρώτη χρονιά της Λίγκας. O Τζίγκερ πίστευε από τότε ότι ο Πέτρος είναι εντελώς διαφορετική προσωπικότητα από τον πατέρα του, σαφώς πιο μετριοπαθής και όχι αδίστακτος, γεγονός που υποστηρίζουν αρκετοί που τον ξέρουν προσωπικά. Για το λόγο αυτό αποφάσισε να πορευτεί μαζί του. Οι δύο άνδρες συμφώνησαν την επόμενη χρονιά οι ρόλοι να αντιστραφούν, με τον Τζίγκερ να αναλάβει τη θέση του προέδρου και τον Πέτρο Κόκκαλη να τον στηρίξει, έχοντας και πιο ενεργό ρόλο στην ομάδα του. Όσον αφορά τον Σωκράτη Κόκκαλη, αρχικά ήταν αντίθετος με την ιδέα της συγκεκριμένης Λίγκας, αλλά σταδιακά οι αντιστάσεις του κάμφθηκαν. Φυσικά, στη διαδρομή δεν έλειπαν και οι εντάσεις, λογικές αν σκεφτεί κανείς ότι μιλάμε για τον Ολυμπιακό με τον Παναθηναϊκό. Έτσι, η ΠΑΕ Παναθηναϊκός μαζί με την ΚΑΕ είχε κατηγορήσει για «συμπλέγματα κατωτερότητας» τον τότε διευθύνοντα σύμβουλο του Ολυμπιακού, όταν εκείνος είχε αμφισβητήσει με συνέντευξή του την ημερομηνία ίδρυσης του «τριφυλλιού».

Στην ίδια συνέντευξη ωστόσο, ο Πέτρος Κόκκαλης είχε δηλώσει: «Νομίζω ότι η Σούπερ Λίγκα θα αξίζει το όνομά της σχετικά σύντομα. Το όνομα αυτό συνηθίζεται, για εμπορικούς λόγους, και σε άλλες χώρες, στη Δανία, στην Τουρκία. Σίγουρα δεν είμαστε ούτε Πρέμιερ Λιγκ ούτε Πριμέρα Ντιβισιόν, αλλά δεν είμαι βέβαιος κιόλας ότι έχουμε χειρότερο πρωτάθλημα από αυτό της Δανίας. Το βασικό για το ποδόσφαιρό μας είναι η συναίνεση καταρχάς. Και η αλλαγή σε επίπεδο σκέψης, νοοτροπίας, διάθεσης. Να καταλάβουμε οι πάντες ότι το ποδόσφαιρο δεν είναι για να τσακωνόμαστε, αλλά για να περνάμε καλά. Αυτό πρέπει να έχουμε στο μυαλό μας πάνω απ' όλα όσοι ασχολούμαστε με το ποδόσφαιρο.

Και υπάρχουν πολλά πρακτικά πράγματα που πρέπει να γίνουν και αυτά γίνονται με τους πιο ταχείς δυνατούς ρυθμούς. Από το να γίνονται τα παιχνίδια στην ώρα τους μέχρι τα εισιτήρια, μέχρι τις προκηρύξεις των αγώνων. Ο διαχωρισμός αρμοδιοτήτων εντός γηπέδου την ώρα του παιχνιδιού. Η απλοποίηση της αθλητικής δικαιοσύνης και οι άνθρωποι που θα τη στελεχώσουν επιτέλους σωστά». Η Σούπερ Λιγκ τότε βρισκόταν στα γεννοφάσκια της και με τις παραπάνω σκέψεις συμφωνούσε και ο Γιάννης Βαρδινογιάννης. Δεν είναι τυχαία και μία πρόσφατη ραδιοφωνική τοποθέτηση του ισχυρού άνδρα της Ξάνθης, Χρήστου Πανόπουλου, ο οποίος αναφερόμενος στη Σούπερ Λιγκ στάθηκε στη συμβολή που είχαν στο παρελθόν οι δύο οικογένειες: «Οι δύο αυτές οικογένειες, με όποια θετικά και αρνητικά, έχουν προσφέρει και θα μπορούσαν να βοηθήσουν τη Λίγκα», είχε πει χαρακτηριστικά.

Την χρονιά εκείνη, παρά το ότι υπήρχαν κάποιες φάσεις στις οποίες ο Παναθηναϊκός είχε έντονα παράπονα από τη διαιτησία, από την ΠΑΕ κρατούσαν χαμηλούς τόνους. Γιατί ακριβώς ο Τζίγκερ είχε αποφασίσει να στηρίξει την προσπάθεια της Σούπερ Λιγκ και να μην προκαλέσει τριβές από τον πρώτο χρόνο ύπαρξής της. Το λάθος του ωστόσο, θα μπορούσαμε να πούμε, είναι ότι λογάριαζε χωρίς τον Γκαγκάτση, ο οποίος συνέχιζε να αποτελεί πρόεδρο της ΕΠΟ και να ελέγχει τη διαιτησία. Ο Παναθηναϊκός είχε τελειώσει την περίοδο 2006-07 στην τρίτη θέση, 17 βαθμούς πίσω από τον Ολυμπιακό.

Την επόμενη χρονιά που ανέλαβε την προεδρία της Σούπερ Λιγκ ο Γιάννης Βαρδινογιάννης και ενδεχομένως περίμενε διαφορές στη λογική και τη νοοτροπία του Ολυμπιακού, ο Πέτρος Κόκκαλης καρατομήθηκε από τη θέση του διευθύνοντα συμβούλου του Ολυμπιακού. Ήταν ο τελευταίος του συγκεκριμένου σχήματος με το οποίο είχε πορευτεί ο Ολυμπιακός την προηγούμενη χρόνια, έχοντας ενεργό ρόλο στα τεκταινόμενα της ΠΑΕ και αποτελώντας ουσιαστικά τον συνδετικό κρίκο ανάμεσα σε διοίκηση και ομάδα. Είχε προηγηθεί η απόλυση του Τάκη Λεμονή, παρά την καλή χρονιά που είχε στην Ευρώπη ο Ολυμπιακός υπό την τεχνική του καθοδήγηση.

Ο Πέτρος Κόκκαλης είχε στηρίξει τον Λεμονή τις προηγούμενες φορές που είχε τεθεί θέμα απόλυσής του, γεγονός που σύμφωνα με αρκετά τότε δημοσιεύματα τον είχε βάλει... στο μάτι του πατέρα του και αποτέλεσε έναν από τους λόγους που οδήγησε στην αποπομπή του, ο οποίος δεν τον κράτησε ούτε για τη θέση του εμπορικού διευθυντή. Ο Γιάννης Βαρδινογιάννης συνέχισε στην ηγεσία της Λίγκας, φέρνοντας μάλιστα και κάποιες καινοτομίες, όπως της Prozone για τον έλεγχο των διαιτητών και της ύπαρξης του Μπίκα ως τρίτο μέλος στην ΚΕΔ. Είχε χάσει όμως τον κοινό κώδικα επικοινωνίας με τον «αιώνιο» αντίπαλό του...

Η οριστική αποπομπή του Πέτρου ακολούθησε αυτή του Ίλια Ίβιτς και προς τα έξω βγήκε ότι, πέρα από τους προσωπικούς λόγους που οδήγησαν τον Σωκράτη στην απόφαση αυτή, ο πρόεδρος του Ολυμπιακού έκρινε ότι το μοντέλο του Πέτρου ήταν αποτυχημένο, ενώ υπήρχε και διαφορά νοοτροπίας. Αυτή ακριβώς τη διαφορά νοοτροπίας είχε δει ο Τζίγκερ και είχε αποφασίσει να κινηθεί μαζί με τον Πέτρο Κόκκαλη. Αυτή ακριβώς εννοούσε σήμερα, στην αποχαιρετιστήρια συνέντευξη Τύπου του όταν έλεγε ότι: «Αν ο Πέτρος Κόκκαλης δεν καρατομούνταν με συνοπτικές διαδικασίες για να δρομολογηθούν οι διαδικασίες να πάρει ο Ολυμπιακός ακόμα ένα πρωτάθλημα, το ελληνικό ποδόσφαιρο θα ήταν διαφορετικό».