Ξεκίνησε στα τμήματα υποδομής της Γιουβέντους, ανέβηκε όλες τις ηλικίες και έφτασε στην πρώτη ομάδα, με την οποία κατέκτησε επτά πρωταθλήματα, τέσσερα κύπελλα και πλησίασε δύο φορές στο Champions League. Το καλοκαίρι του 2018, έπειτα από 25 χρόνια ως Μπιανκονέρο, αποχώρησε από τους Τορινέζους για να πάει στη Ζενίτ, στην οποία έμεινε μόλις ένα χρόνο.

Ο σοβαρός τραυματισμός του 2016 δε σταμάτησε ποτέ να ταλαιπωρεί τον Μαρκίζιο, ο οποίος σε συνέντευξη Τύπου στο Allianz Stadium, ένδειξη ίσως ότι ενδέχεται να πάρει κάποια θέση στη Γιούβε, ανακοίνωσε ότι ήρθε η ώρα να αποσυρθεί. «Αν μπορούσα να ξαναπαίξω ένα ματς, θα ήταν ο τελικός του 2015 στο Βερολίνο», τόνισε, συμπληρώνοντας ότι κατάφερε να κάνει πραγματικότητα το όνειρο που είχε πιτσιρικάς.