Ο πρώτος Μαραθώνιος της Βοστώνης διεξήχθη ένα χρόνο μετά από τους Ολυμπιακούς Αγώνες της Αθήνας (1896) και από τότε κάθε χρόνο η πόλη των ΗΠΑ συγκέντρωνε τους καλύτερους δρομείς που διαγωνίζονταν για το μεγάλο έπαθλο.

Μονάχα το 1918 αντί για Μαραθώνιος με ελεύθερες συμμετοχές έγινε αγώνας για στρατιώτες και στατριωτικούς αλλά πότε από το 1897 έως το 2019 δεν ακυρώθηκε.

Το 2020 όμως μετά από 124 διοργανώσεις έφτασε η ώρα. Οι διοργανωτές αρχικά τον μετέφεραν από τον Απρίλιο στον Σεπτέμβριο (14) του 2020 αλλά αποφάσισαν τελικά νε τον ακυρώσουν λόγω του covid-19.

Το 1946 νικητής του Μαραθωνίου της Βοστώνης ήταν ο Στέλιος Κυριακίδης ο οποίος μετά από τη νίκη του ξεκίνησε μεγάλο αγώνα για να συγκεντρώσει χρήματα στις ΗΠΑ για την Ελλάδα που είχε βγει από πόλεμο και γερμανική κατοχή.