Το περασμένο καλοκαίρι αποφάσισε να αφήσει τη Σεβίλλη και να δοκιμάσει κάτι νέο. Έτσι, βρέθηκε στην Λεβερκούζεν, με την οποία υπέγραψε μονοετές συμβόλαιο, πλαισιώνοντας τον βασικό Λένο. Λίγους μήνες μετά ανακοίνωσε ότι έφτασε το πλήρωμα του χρόνου και το καλοκαίρι θα βάλει τέλος στην καριέρα του σε ηλικία 40 ετών. «Έφτασε η στιγμή να κρεμάσω τα γάντια μου στον τοίχο», είπε ο Πάλοπ, που κατέκτησε δύο πρωταθλήματα Ισπανίας (2002, 2004) και ένα Κύπελλο UEFA (2004) με την Βαλένθια και 2 Κύπελλα Ισπανίας (2007, 2010) και δύο Κύπελλα UEFA με την Σεβίλλη (2006, 2007).